醫藥潔凈室設計規范有著自己特殊的要求，就是因為這樣的潔凈室涉及到了人身安全，因此在設計之中必須秉承安全、衛生、潔凈的理念設計，綜合考慮醫藥所處的地理位置及環境。
一、醫藥潔凈廠房必須按其工藝流程及設備狀況合理布局，由于醫藥潔凈室內有著人流流動，那么主體結構要采用靈活性規范設計，必須考慮到布局結構緊湊性，而且還要考慮到潔凈室藥品可能引起的工藝流程變化及設備可能的更新。
二、我國地域極其廣闊，地區溫差大及日溫差很大，因此醫藥潔凈室選材很重要，要選擇其氣候條件，立足保溫、隔熱及防火、防潮材料性要求。
三、醫藥潔凈室對建筑耐久性有著年限要求，建筑物主體結構要具備同建筑處理和室內裝修水平相適宜的等級。兩者必須協調。杜絕溫度、沉陷可能對安全的影響，不能破壞建筑裝修的完整性及氣密性。
四、醫藥潔凈室在建設的時候，如果技術夾道要設有檢修門的時候，必須要面向非醫藥潔凈區。如果必須面向醫藥潔凈區之時，在其技術夾道內可設置吊頂，技術夾道內設計規范應按醫藥潔凈區要求執行。
因此可以這么說，在實際操作中，醫藥潔凈室設計規范必須要保證潔凈度及安全性，這樣的話才可以讓其保持無菌性，尤其是手術室等場所更有著這樣的要求，這樣就保證了用藥的安全，杜絕了可能的交叉感染，讓人們就醫環境更加安全、合理。
