地面裝修：由于一般送風系統的回風口多位于房間下部，再加上醫護人員在地板上的走動和各種設備的移動，所以導致地面的污染度比墻和吊頂要高得多，大量塵粒由地面產生故引起安徽人和環境重視。
地面材料要求平整、耐磨、防滑、耐腐蝕（酸、堿、藥）、易清洗、不起塵及不開裂裝飾材料，國內常采用現澆水磨石，取其光滑、耐磨、不起塵、防靜電、易清洗之長，但不宜采用過氧乙酸稀釋液洗消，否則會與堿性的水泥起反應導致麻面，水磨石宜用425號或以上水泥，石子粒徑5——15mm，以防止開裂、掉石子、起砂，瓷磚、馬賽克（陶瓷錦磚）等接縫較明顯的材料在某些低級別的潔凈手術室中也有應用，但一般不推薦。
較高檔的地面裝修可選用橡膠、聚胺脂涂料、樹脂類板材等，如在歐美、日本的許多醫療手術環境中，都采用了彈性塑膠卷材作地面材料。它最顯著的優點，就是少接縫（通常采用熱熔焊接進行卷材間的連接，焊條由與卷材相同的塑膠材料制成），可避免污物及細菌的堆積，另外，它還具有耐污易潔、腳感舒適、花紋款式多樣、安裝及更換簡便等水磨石無法比擬的優點。
百級手術室可選用防靜電、抗菌、防火、耐磨的橡膠地板、淡黃色PVC地板；千級、萬級手術室可選用米黃色水磨石板或人造石地板。但需要注意的是無論選擇橡膠地板或人造石地板以及水磨石地板，地面與墻體都要聯成一體，成R40的圓弧陰角進行處理。
在垂直層流手術室，如采用地面或地溝回風，回風部位應選用塊狀活動隔柵地板；地面不宜設地漏，否則應有防室內透空氣污染措施——如設置高位水封地漏。
墻面裝修：新建潔凈手術室，墻體一般都采用輕鋼龍骨隔墻構造，方便手術室所用的各種管線及墻上固定設備的暗裝。墻面裝修面層應采用硬度較高、整體性好、拼縫少、縫隙嚴密，具有保溫、隔熱性能裝飾材料。近年來比較常見的有不銹鋼板、鋁合金板（為了防止炫目均應做成亞光面）、彩色鋼板和其它復合型板材。墻面一般要求垂直地面，但也有專家建議，墻面可內傾3度，不僅可減少積塵，而且可使光線反射的角度有利于醫護人員操作。
拼縫處理采用密封膠，并且結合送、回風口、觀察窗、嵌入式觀片燈、消毒柜、開關接口以及墻上固定的器械柜、藥品柜等將墻面組合成整體，盡量減少凸凹面和接縫。
另外，在我國許多中小醫院低級別潔凈手術室的新建或改建工程中，可因地制宜，選用瓷磚到頂的方法，但易使用直角形瓷磚，以避免瓷磚的小圓角拼縫處積灰和不易清潔滋生細菌的不足。
無菌區墻面可采用600×600mm淡綠色瓷磚一通到頂。踢腳板宜凹進墻面1cm，并與地面成為一體，陰角半徑為40mm圓角。通道兩側及轉角處墻上應設二道防撞板。
頂面裝修：頂棚底面需布置與安裝高效過濾送風口、照明燈具、煙感滅火器等，各種管線均應隱藏在頂棚內。故頂面裝修是潔凈手術室裝修中的重點之一，可選用輕鋼龍骨600×600mm乳白色彩鋼凈化板等大塊體面板吊頂為宜，由于吊頂上風管等振動影響較多，故建議控制振動脫落比控制材料表面硬度更為重要。吊頂材料宜采用密封膠灌縫或用壓條處理，使之形成整體防止上部空間灰塵通過縫隙污染氣流。
另外還有一種硬吊頂的做法，即直接在鋼筋混凝土樓板底面按潔凈度要求進行裝修，較適合在層高較低的手術室中應用。在鋼筋混凝土頂板下用硬塑料板貼面處理（在現澆鋼筋混凝土樓板時，作為模板一次打入板底）。硬頂做法的特點是強度高，上人和安裝檢修均方便，但自重大，送風口和燈具在安裝時需打孔。施工相對處理較為復雜，優點是不易變更，在做這種吊頂時注意防水尤為關鍵。
潔凈手術室的墻面與平頂、墻面與地面及不同的墻面與墻面相交處的陰（陽）角，宜做成小圓角構造（R≥50mm），以避免積塵，方便清掃。也有許多潔凈手術室把墻面與平頂、墻面與墻面相交處用斜板方式連接，更有利于減少積塵，消除氣流渦流區，天花頂面無影燈為暗裝，可為二級頂面，二級頂兩側采用電動軌道，自動開合，盡可能減少污染。
門窗：一般潔凈手術室采用人工照明，不設外窗，認為室外塵菌可以通過窗的縫隙潛入手術室內，而且手術室又不依賴天然采光等條件，故在潔凈手術室設計中一般不設窗戶。但近年根據心理醫學專家研究表明，在無窗的潔凈手術室中，醫護人員及病患者困與外界完全隔絕，都易產生抑郁、煩躁等不良情緒，不利于手術順利進行（尤其是時間較長的大型手術）
